The grand Shia scholar al-Mirza Habibullah al-Khoei in his famous sharh called “Minhaj al-Bara’ah fi Sharh Nahjul Balagha” discusses the corruption of the Quran. This isn’t the same al-Khoei, author of Mu`jam Rijaal al-Hadeeth. This is Habib Allaah al-Khoei who was born in the year 1261 or 1268 and died in the year 1324. He is buried in the Ra’y in the shrine of `Abd al-`Adheem al-Hussayni. Minhaaj al-Baraa`ah fee SharH Nahj al-Balaaghah (منهاج البراعة في شرح نهج البلاغة) is one of his many books. His book is actually one of more famous commentaries of Nahj al-Balaaghah. 

I will quote from his book, firstly he starts by stating many examples of Shia Hadiths on Tahreef:

Then he says on pages 219 to 221:

و الانصاف أنّ القول بعدم النّقص فيه ممّا يمكن إنكاره بعد ملاحظة الأدلة و الأخبار التي قدّمناها ، فانّها قد بلغت حدّ التّواتر ، مضافا إلى أخبار ورود الامة على الحوض و قولهم بعد سؤال النّبيّ صلّى اللّه عليه و آله عنهم كيف خلّفتموني في الثقلين : أمّا الأكبر فحرقناه ( فبدلناه خ ل ) و أمّا الأصغر فقتلناه ، و هذه الأخبار أيضا متواترة ، و مع التّنزل عن بلوغها حدّ التواتر نقول : إنّه بانضمامها إلى الأخبار الاول لا محالة تكون متواترة مفيدة للعلم بثبوت النّقصان، إذ لو كان القرآن الموجود بأيدينا اليوم بعينه القرآن المنزل من السّماء من دون أن يكون فيه تحريف و نقصان ، فأىّ داع كان لهم على الطبخ و الاحراق الذي صار من أعظم المطاعن عليهم .
فان قلت : إذا ثبت وقوع التّغيير في القرآن فكيف يجوز لنا قرائته ؟ بل اللازم قرائته على نحو ما انزل فيما اطلعنا عليه .
قلت : إنّ الأئمة عليهم السلام رخّصونا على ما هو الموجود الآن و لم يأذنوا بقرائته على نحو ما انزل .
يدلّ على ذلك ما رواه في الكافي مرسلا عن سهل بن زياد عن محمّد بن سليمان عن بعض أصحابه عن أبي الحسن عليه السّلام قال : قلت له : جعلت فداك إنا نسمع الآيات في القرآن ليس هي عندنا كما نسمعها و لا نحسن أن نقرأها كما بلغنا عنكم فهل نأثم ؟
فقال عليه السّلام : لا ، اقرءوا كما تعلّمتم فسيجيئكم من يعلّمكم .
و فيه أيضا باسناده إلى سالم بن سلمة ، قال : قرء رجل على أبي عبد اللّه عليه السّلام و أنا أستمع حروفا من القرآن ليس على ما يقرئها النّاس ، فقال أبو عبد اللّه عليه السّلام :
مه كفّ عن هذه القرائة و اقرء كما يقرء النّاس حتّى يقوم القائم عليه السّلام : فاذا قام قرء كتاب اللّه على حدّه و أخرج المصحف الذي كتبه عليّ عليه السّلام .
فان قلت : سلّمنا وجود التّحريف فيه فلم لم يصحّحه أمير المؤمنين عليه السّلام حيثما جلس على سرير الخلافة مع أنّه لم يكن منه مانع يومئذ .
قلت : إنّه عليه السّلام لم يتمكن منه لوجود التقية المانعة من حيث كونه مستلزما
[ 220 ]
للتشنيع على من سبقه كما لم يتمكن من إبطال صلاة الضحى ، و من إجراء متعتي الحجّ و النّساء ، و من عزل شريح عن القضاوة ، و معاوية عن الامارة ، و قد صرّح بذلك في رواية الاحتجاج السّابقة في مكالمته عليه السّلام مع الزّنديق .
مضافا إلى اشتمال عدم التّصحيح على مصلحة لا تخفى ، و هو أن يتمّ الحجة في يوم القيامة على المحرّفين المغيّرين من هذه الجهة أيضا بحيث يظهر شناعة فعلهم لجميع أهل المحشر ، و ذلك بأن يصدر الخطاب من مصدر الرّبوبيّة إلى امّة محمّد صلّى اللّه عليه و آله ، و يقال لهم : كيف قرأتم كتابي الذي أنزلته إليكم ؟ فيصدر عنهم الجواب ،
بأنّا قرأناه كذا و كذا ، فيقال لهم : ما أنزلناه هكذا فلم ضيّعتموه و حرّفتموه و نقصتموه ؟
فيجيبوا أن يا ربّنا ما قصّرنا فيه و لا ضيّعناه و لا فرطنا ، بل هكذا وصل إلينا .
فيخاطب حملة الوحى و يقال لهم : أنتم قصّرتم في تبليغ وحيي و أداء أمانتي ؟ فيقولوا ربّنا ما فرطنا في وحيك من شي ء و إنّما فرط فيه فلان و فلان بعد مضيّ نبيّهم ،
فيظهر شناعه فعلهم و فضاحة عملهم لجميع أهل المحشر و يستحقّوا بذلك الخزى العظيم و العذاب الأليم مضافا إلى استحقاقهم للنّكال و العقاب بتفريطهم في أمر الرّسالة و تقصيرهم في غصب الخلافة .
فان قلت : سلّمنا أنّ عليّا عليه السّلام لم يتمكن من تصحيحه و أنّ بقائه على التّحريف كان مشتملا على المصلحة التي ذكرتها ، و لكن بقي هنا شي‏ء و هو أنّ الأئمة لم لم يدفعوا ما عندهم من الكتاب المنظم المحفوظ السّالم عن التّحريف إلى الامّة و ما كان المانع لهم من ذلك ؟
قلت : السّر في عدم إظهارهم عليهم السلام له وجوه كثيرة :
منها أنّه لو أظهر ذلك الكتاب مع بقاء هذا الكتاب المحرّف لوقع الاختلاف بين النّاس و يكون ذلك سببا لرجوع النّاس إلى كفرهم الأصلي و أعقابهم القهقرى .
و منها أنّ شوكة النّفاق يومئذ كان أكثر فلو أظهروه لأحدث المنافقون فيه مثل ما أحدثه رئيسهم قبلهم .
[ 221 ]
و منها أنّه مع إظهاره أيضا لا يكون له رواج ، لمكان شهرة ذلك المحرّف إلى غير هذه من الأسرار التي تستفاد من الأخبار .
و كيف كان فقد ظهر و تحقّق ممّا ذكرنا كله أنّ حدوث التّحريف و النّقصان في القرآن ممّا لا غبار عليه .
و أمّا الزّيادة ففيها تردّد و الأقوى العدم إذ الدّليل عليها ليس إلاّ عدّة روايات و هي لا تقاوم الاجماعات التي ادّعاها الشّيخ و الصّدوق و الطبرسي و المحقّق الكاظمي

Translation:

[page 219]

To be fair, the denial of corruption in terms of deletion can be countered by the proofs and narrations that we stated earlier and they have reached the level of Tawatur, also by adding the narrations of when the nation will be brought to the fountain(Hawd) and they will say after the Prophet SAWS asks them on what they did with the two weighty things: “As for the bigger one we burned/changed it, as for the smaller one we killed them.” and these narrations are also Mutawatir, even if we were to say that doesn’t reach Tawatur yet by adding them to the previous narrations they become Mutawatir and they would clearly prove the deletion from the Quran.
If the Quran in our hands today was the exact same as the one that was revealed from the sky without corruption or deletion, then I ask: for what purpose would they mess with it and burn it? by doing so this has become the biggest criticism against them.
You would say: “If this Quran was indeed corrupt, then how can it be permissible for us to read it? it is required that we read it the way it was revealed.”
I say: The Imams permitted us to read what is present in our hands and they did not permit us to read it the way it was revealed, one of the proofs for this is what is narrated in the Mursal hadith in al-Kafi from Sahl bin Ziad from Muhammad bin Suleiman from some of his companions from Abu al-Hassan (as) that he asked him: “May I be a sacrifice for you, we hear the verses from the Quran unlike the ones we have, and we are not able to read them in the form that reached us from you(Imams), are we sinful?”
He (as) replied: “No, recite it as you have been taught. there shall come one who shall teach you.”
And in it also is with the Isnad to Salim bin Salamah: “A man recited to abu ‘Abdullah (as) and I heard words unlike those read by the people.” He (as) told the man: “Meh! stop this recitation and recite it like the rest of the people until al-Qaem rises. When he does he shall revealed the true Quran written by ‘Ali.”
If you say: “We agree with you that it is corrupt, so why didn’t Ameer al-Mumineen (as) correct it? was he not the Caliph and there was no one to stop him?”

[page 220]

I say: “He (as) did not do this for the purpose of Taqqiyah, because doing so will make the first three look horrible. He also could not abolish the prayer of Duha, and was not able to establish the Mutah of Hajj and the Mutah of women. He was not able to remove Shurayh from position of Judge nor Mu’awiyah from position of Ameer…”

[Then al-Mirza says after a couple of lines]

I say: “The reason why they (as) did not reveal it is based on many points.
from them: If that book was revealed while this corrupt one was present, then there would be difference among the people and they may return to their previous state of Kufr.
from them: the hypocrites were extremely dominant at the time so if they revealed it then the hypocrites would have changed it like their leaders before them did.

[page 221]

from them: if it was revealed it wouldn’t spread much because of the popularity of the corrupted one, and there are many other reasons.
And no matter what the case, it is apparent and proven from all we have stated that there is no dust on the fact that the Quran is corrupted in terms of deletion.
As for the saying of corruption in terms of addition then this is not a strong opinion and is only based on a few narrations that cannot counter the consensus stated by al-Sheikh and al-Saduq and al-Tabrasi and al-Muhaqqiq al-Kathimi.”

Source: Minhaj al-Bara’ah fi Sharh Nahjul Balagha “منهاج البراعة في شرح نهج البلاغة” by al-Mirza Habibullah al-Khoei, al-Wafaa Beirut Lebanon, volume 2, pages 216 to 220.